（１）新型コロナ研究の進展
（２）健康長寿への挑戦
（３）「ヘテロ」という言葉
（４）エクソソーム製剤
（５）実験解析のニュートレンド ＜＝＝
日本再生医療学会の総会で、私が感じたことについて、発信します。今回の話題は『実験解析のニュートレンド』です。
今回の日本再生医療学会の総会では、シングルセルRNA-seq解析が普通に色々な研究で使われ始めました。
唐突ですが、白状しますと、今回は、私は、とんでもなく難しいことをテーマに選んでしまったと、反省しています。私はライフサイエンスの実験をしたことがなく、そのため、実験方法に関しては、ほとんど無知であります。
難しいことをわかりやすく伝える、と言うのが私、自称「ライフサイエンスコミュニケーター」の役目なのですが、実験方法をわかりやすく伝えるということは今までに経験がなく、今回のテーマは、私のレベルをはるかに超えた難しさがあります（汗）。
『今回の日本再生医療学会の総会では、シングルセルRNA-seq解析が普通に色々な研究で使われ始めました』
もう、この１行だけで、今回のブログを終了しようかと思いましたが、そういうわけにはいきませんよね（激汗）。
ということで、今回は、「感じたこと」や、「思ったこと」ではく、私が、0からスタートして、お勉強したことを、ご披露するブログになってしまいます。どうか、ご勘弁をお願いします。
今回、お勉強といっても、「シングルセルRNA-seq解析」は、高校や大学の生物の教科書のページをいくらめくってもどこにも書いてありません。ネット検索に頼ることになりますが、ネット検索しても、専門用語が機関銃のように私を攻撃するばかりで、心が折れてしまいそうになりました。
すったもんだして、なんとか、以下のことを学んだのですが、何せ魑魅魍魎としたインターネットから、私が独力で抽出・理解した結果ですので、間違っている箇所がたくさんあると思います。その点については、ご容赦ください。
まず、出発点は、「トランスクリプトーム解析」だと言うことに気がつきました（この出発点を見つけるだけでも大変でした）。
＜１＞トランスクリプトーム解析
細胞中に存在する全てのゲノム転写物（RNA）を網羅的に解析すること。
RNAは、ゲノムの一部を転写したものですので、「転写」の英語（Transcription）と、「全部」と言う意味の接尾語（-ome）を組み合わせて、トランスクリプトーム（Transcriptome）。通常のトランスクリプトーム解析では、全RNAのうちのmRNAを対象とし、rRNA、tRNA、miRNA等のノンコーディングRNAは対象とはしない様です。
例を挙げれば、光合成をする葉っぱの細胞が考えられます。葉っぱを光に当てて、盛んに光合成をしているだろうと言うタイミングで、葉っぱを摘んできてすりつぶし、DNAマイクロアレイを使って、発現しているmRNAの種類と量を調べます。夜にも、葉っぱを摘んできてすりつぶし、DNAマイクロアレイを用いて、発現しているmRNAの種類と量を調べ、日照時の葉っぱとの比較をします。この、DNAマイクロアレイを使う方法が、トランスクリプトーム解析の歴史的な出発点だったのだと思います。
用語説明
・DNAマイクロアレイ： ガラス板に、さまざまな遺伝子を、高密度に格子状に貼り付けたもの
・ノンコーディングRNA： タンパク質の合成を目的としないRNA。mRNA（メッセンジャーRNA）以外の全てのRNA。”ncRNA”と書く場合もある。具体例：rRNA（リボソームRNA）、tRNA（トランスファーRNA）、miRNA（マイクロRNA）、など
＜２＞次世代シーケンサーによるトランスクリプトーム解析
さて、その後、次世代シーケンサーが登場し、DNAの解析が容易になりました。トランスクリプトーム解析でも、次世代シーケンサーが使われるようになりました。次世代シーケンサーを使うトランスクリプトーム解析のことを、”RNA-seq”（RNA sequencing）と言うそうです。
RNA-seqでは、以下の処理ステップを実施します。
（Step 1）サンプル内のmRNAを精製する。（不純物や、rRNAやtRNAなどを取り除く）
（Step 2）逆転写酵素を使い、mRNAからDNAを合成（cDNA）する。
（Step 3）cDNAを次世代シーケンサーで読み取り、遺伝子の種類と量に関する情報を得る。
この方法の特徴は、DNAマイクロアレイと違って、未知のmRNAを見つけることができる、ということです。また、DNAマイクロアレイは、調べる生物によって遺伝子のセットが異なるので、対象生物によって、異なるDNAマイクロアレーが必要となりますが、RNA-seqの方法だと、そういった必要はありません。
余談ですが、次世代シーケンサー（NGS：Next Generation Sequencer）としては、Illumina（イルミナ）社のシーケンサーが有名なようです。よく研究発表に貼ってある、次世代シーケンサーの写真は、イルミナ社のシーケンサーである場合が多いようです。
＜３＞シングルセルRNA-seq
１細胞ごとに別々に、RNA-seq法を用いて、トランスクリプトーム解析を実施するのが、シングルセルRNA-Seqです。細胞ごとに別々に解析するので、さまざまな細胞が混じっているサンプルに対して、細胞ごとの遺伝子発現パターンによって、細胞のクラス分け（クラスタリング）をすることができます。
いったいどういう方法で、１細胞ごとにトランスクリプトーム解析を実施するのか、については、興味深々でありますが、次回のブログで、私の勉強の成果をご披露したいと思います。
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